Atina "Lighthouse Reports", "Der Spiegel", "SRF Rundschau", "Republik" ve "Le Monde" tarafından yürütülen ortak araştırmaya göre, Frontex'in veri tabanında, yüzlerce düzensiz göçmenin Ege'de geri itilmesine yönelik kayıtlar yer aldı.Ajansın, Mart 2020 ile Eylül 2021 arasında kadın ve çocukların da aralarında olduğu 957 sığınmacının denizde geri itilmesinde rol aldığı belirtilirken, bu vakaların Frontex'in "Jora" adlı veri tabanında çıkış noktalarından "ayrılmanın önlenmesi" şeklinde etiketlendiği kaydedildi.Bu bağlamda, Yunan Sahil Güvenlik unsurlarının yaptığı geri itmelerin AB yetkililerince "düzensiz göçmenlerin AB dışı ülke makamları tarafından denizde durdurularak çıkış noktalarına geri gönderilmesi" olarak tanımlandığı dile getirildi.Söz konusu veri tabanındaki kayıtlara göre, 22 farklı vakada sığınmacılar, Yunan sahil güvenlik güçlerince durdurulmasının ardından botlara bindirilerek denizde terk edildi.Yunanistan'ın denizde terk ettiği göçmenler28 Mayıs 2021'de yaşanan bir olayda, Midilli Adasına gelen yaklaşık 50 düzensiz göçmenin, Norveçli sivil toplum kuruluşu "Egean Boat Report"a konumlarını bildirdiği ve bazı Whatsapp mesajları attığına işaret edilirken, bu bildirimi yapan gruptan bazılarının daha sonra Türk Sahil Güvenlik güçlerince denizde bir botta bulunduğuna dikkat çekildi. Bu vakanın da Frontex kayıtlarına "ayrılmanın önlenmesi" şeklinde geçirildiğinin altı çizildi.Avrupa Parlamentosunun Hollanda milletvekili Tineke Strik, Frontex'e Yunanistan'daki operasyonlarını durdurma çağrısında bulunurken, Frontex ve Yunan makamları, söz konusu iddiaları reddediyor.Alman "Der Spiegel" dergisinin Ekim 2020'de yayımladığı haberde, Frontex'in Yunanistan'ın düzensiz göçmenleri açık denize geri itmesine destek verdiği, uluslararası hukuka aykırı davrandığı, kurtarması gereken mülteci botlarını Türkiye sınırına püskürttüğü ileri sürülmüştü.Frontex'in Direktörü Fabrice Leggeri'nin, Yunanistan'ın Ege Denizi'nde düzensiz göçmenleri geri ittiğine ilişkin bir olayda delilleri sildirdiği savunulmuştu.AB Yolsuzlukla Mücadele Ofisi (OLAF), Frontex hakkında Ege'de göçmenlerin geri itilmesi ile taciz ve görevi kötüye kullanma gibi suçlamalar nedeniyle soruşturma başlatmıştı.